В старину члeнами называли руки-ноги. Для пи-пи было обозначение половой члeн, чтобы не путали с остальными. Потом те понятия стали обозначаться привычными словами и поскольку пи-пи последним сохранил оригинальное название его так и продолжили звать, отбросив "половой" потому что уже спутать не с чем