В город, страдающий от нападений чудищ, прибывает загадочная парочка: мужчина с гробом за спиной и девушка со взглядом зверя. Они ищут встречи с ведьмой, которую боготворят местные жители за защиту от монстров, чтобы попытаться снять проклятие, однако всё переворачивается с ног на голову... Ведьма оказывается не той, за кого себя выдаёт, да и у нашей парочки полно секретов за плечами; но что самое важное — это совсем не та ведьма, которую они искали, а значит, необходимо с ней расправиться и продолжить охоту!

История берёт начало в 2011 году в Морио после землетрясения Тохоку и рассказывает о Хигашиката Джоске — молодом человеке, потерявшем память. Узнать его личность ему помогает девушка по имени Ясухо. Однако, расследование втягивает их и новую семью Джоске в неприятности между ним и странными людьми из Морио. "JoJolion" является продолжением предыдущей части "Steel Ball Run", а также второй частью, события которой происходят в альтернативной вселенной ДжоДжо.