Сочетание букв EE в английском обозначало когда-то давно звук [eː] (долгий Э), в процессе великого сдвига гласных он превратился в [iː] (долгий И).
В транслитерации с японского EE — один из вариантов написания долгого Э, наряду с макроном и добавлением h.
Причина ошибки в том, что nee читают по правилам современного английского. Английский головного мозга у этих людей.