Маленькая Айз - олицетворение всех ее подавленных желаний и эмоций. Обычно она говорит и делает то, что сама Айз не может себе позволить (или считает, что не может).
Я так понимаю, после смерти семьи Айз действительно вытеснила часть себя куда-то в подсознание. Не болезнь, но уже и не здоровье. А после встречи с Беллом, Айз начала осознавать скрытую часть себя, "маленькую Айз", понемногу сближаться с ней. Думаю, когда они объединятся, это будет означать, что Айз снова сможет жить полной жизнью.