Люди хотят стать богами — они дарят разум неодушевленным предметам, рождают искусственную жизнь и наделяют её своими амбициями. И в один прекрасный момент Земля, раскрученная новыми творцами, начинает развиваться вне зависимости от их воли, оставляя людей далеко позади, как слабый и бесперспективный элемент эволюции. В этот момент рождается Мегаструктура, многоуровневый, бесконечный, вечный лабиринт, подобный живому организму, всё продолжающий расти, достигая звезд... Мегаструктура — одновременно и мир, вышедший из-под руки Цутому Нихея, и главный герой этого мира. В ней рождаются и умирают люди, киборги, андроиды, биологические и механические существа, в ней появляются герои, искатели, бессмертные…

Алита - мощный киборг с мягким сердцем и таинственным прошлым. Её новая жизнь непроста: её сердце разбито, она приобретает и теряет друзей в Свалке - жестоком мире, лежащем ниже небесного города, - и служит многим хозяевам, чтобы защищать невинныx и построить свою новую жизнь.

Имея в запасе не так много времени, Токи мечтает спасти как можно больше людских жизней, применяя свои дьявольски отточенные навыки Хокуто Шинкен в лечебных целях. Однако в этом разлагающемся мире не всё так просто, и, чтобы спокойно заниматься своим делом, мирному и добросердечному лекарю придётся замарать руки в крови.

Из-за паники в связи с новым заболеванием, сравнимым с чумой и унесшим жизни 15% населения Земли, мир погружается в хаос. Проституция, наркотики, коррупция, реки крови, предательства и всё, что только можно себе представить. Существует ли ещё где-то в этом мире Эдем?