«Неправильной» душой была та, что до «перерождения», а ГГ просто вернулась на место (это уже было в других исэкаях). И вероятно, что замена души была частью злодейского плана, иначе зачем амулет для её сокрытия?
Очень разумное объяснение, ведь если вспомнить главу, где бабочки говорили что долго ждали её. Тогда всё встаёт на свои места, но вот с какой целью это сделано, не известно