Христианство пришло в Японию в 16 веке и исповедуется там по сей день. Даже если число последователей этой религии там и невелико (1,5% от численности населения на 2020г), но ведь они есть. А если есть христиане, нет ничего удивительного в том, что им нужна церковь.