События Fate/Apocrypha происходят в мире параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен «726-ой Святой Грааль». Его похитила и привезла в Румынию семья Иггдмилленния. Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля в городе Трифас с двумя противоборствующими сторонами: Чёрная Фракция, члены которой являются частью семьи Иггдмилленния и Красная Фракция, члены которой были посланы Ассоциацией Магов, за исключением одного участника от Церкви. Грааль также призывает Рулера выступать в качестве посредника в Войне Святого Грааля.

Участниками Пятой войны за Святой Грааль были дети, и тем не менее противостояние мастеров было жестоким и кровопролитным. Но какие же ужасы явятся миру, если за дело примутся взрослые, опытные волшебники, принимающие холодные решения даже в отношении собственных родственников и любимых? Четвертая война разобьет много сердец и разрушит множество жизней. На поле боя сойдутся очень разные люди - от учащегося в Ассоциации до городского маньяка. Но кому же из них будет суждено добраться до Грааля и исполнить свою мечту?

Сюжет повествует о Войне Грааля, некорректно скопированной с третьей Войны Грааля Фуюки. После окончания третьей Войны Грааля, члены магической организации из Соединенных Штатов, независимой от лондонской Ассоциации Магов, собрали данные о Войне Грааля в Фуюки и планируют начать свой ритуал. И теперь вновь, уже шестеро героев прошлого, и магов, призвавших их на поле брани, сойдутся в неравном бою. Но Нарита не был бы Наритой, если бы все прошло так гладко. Вампиры, механизированные священники, целые отряды магического спецназа, фальшивые и истинные слуги, сюжет в изобилии наполнен разнообразием неожиданных ходов и решений, что и делает его Войну за Грааль не похожей на все описанные ранее.

Вот уже много лет продолжается война за Святой Грааль — священный артефакт, способный исполнять желания. Маги и их слуги, души великих героев из прошлого, сражаются до тех пор, пока не останется только один, единственно достойный Святой Чаши. Ареной боев был избран маленький японский городок — и в результате прошлой войны он сгорел почти дотла. И вот Эмия Cиро, слабейший из избранных Граалем в новой войне чародеев, чьи родители погибли в том пожаре, случайно вызвал сильнейшего слугу… Исполненный желания не допустить подобного впредь, он вступает в бой, где его противники — бессмертные души и могущественные маги, где он может полагаться лишь на свою веру и могущество своего слуги…

Мир никогда не станет таким, каким был до Падения. Больше половины населения Земли – мертвы, потусторонние твари бродят по развалинам, а оккультные общины быстро разрастаются. В надежде спасти единственное воспоминание о семье, которое осталось у нее, курьер-одиночка Аврил разыскивает Анафему, нечестивую тварь, которая по слухам, обладает силами, в которых так нуждается девушка.

Парень повстречал девочку-дракона. Он освободил её от тысячелетнего сна, обручился и теперь живёт счастливо. Стоп, всё не так! Это история о простом парне, который стал реинкарнацией души ученика бога сватовства. Встречайте Цзинь Тунхуа, который только что узнал, что он превращается в бога и ему необходимо вернуться к своим обязанностям ученика бога в современном мире, отбросить свою прежнюю жизнь и нянчиться с девушкой-драконом. Давайте же проследим за историей Цзиня и его партнера, объединённых красной нитью судьбы… Но что же это творится-то? Мужчина любит курицу? А этот вообще другого мужика?! Эй? Это точно девушка?

Люди делятся на хороших и плохих. И их души также пропитаны добром и злом. В мире начинают появляться монстры, которых породили злые мысли людей. Эти монстры начинают вести себя агрессивно, пытаясь уничтожить человечество и завладеть Землей.

Убийцу номер 1 в мире «Червонного Валета» наняли, чтобы убить таинственного директора Старшей школы героев. Замаскировавшись под Джека Ченя, обычного студента по обмену, он проник в изолированную школу. Его причислили к классу F, худшему классу в школе. Группа проблемных учеников с мощными сверхспособностями заставляет нашего сильнейшего убийцу сильно страдать. Каждый божий день — это безумие и опасная для жизни рутина, из-за чего план убийства директора кажется недосягаемым.

Смерть решает дать своему младшему сыну первое в жизни задание, но вместо того, чтобы взять жизнь, он должен защитить ее. Проблема в том, что Кай никогда не был в человеческом мире и не знает, как себя вести. Это означает, что у кого-то появился Мрачный жнец в качестве телохранителя.

«По сравнению с нашим временем нынешнее поколение не такое надежное» — сказали они. И все же разве он не сын героя, как раздражительно прошло 10 лет с того как закончилась битва между людьми и демонами, дети героев которые спасли мир выросли один из них, Эрз был талантливым мужчиной и все ожидали что он повторит успех отца как воин и защитит его страну, но Эрз всегда с опаской относился к титулу отца.

Собственная команда расследователей Ясоинабы снова в деле в новом приключении, основанном на признанной критиками серии Persona Q! Наслаждаясь культурным фестивалем старшей школы Ясогами, команда внезапно слышит звон таинственного колокола, и на фестивале появляется странный новый экспонат. Внутри этого экспоната находится очень любопытный лабиринт, который отправит их в чудесное и коварное путешествие. И, исследуя этот лабиринт, они встретят новых врагов и, возможно, даже новых союзников из вселенной Persona…

Душа китайского даоса Хэ Сюня в результате несчастного случая переносится в тело японского старшеклассника. Теперь Хэ Сюнь пытается влиться в повседневную жизнь Танаки, попутно стараясь восстановить свои силы и технику, которая всё ещё далека от совершенства. И всё шло хорошо до тех пор, пока он не встретил шестихвостую лисицу-демона…

За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перетерпел огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тота, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение. События манги происходит много лет спустя окончания Mahou Sensei Negima!, где Неги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница — Евангелина МакДауэлл.

Андзю Сэндо — милая девушка, которая только начала свой первый год в средней школе Академии Сэйрю. В настоящее время она живет в интернате с ее домашним любимцем по кличке Лайма. Ее отец-колдун, а мать-специалист в китайском кэмпо. Они оба знамениты, особенно ее мать, которая зовется дракон Момоки. Из-за славы ее матери исполнительный комитет хочет, что бы Андзю присоединилась к студенческому Совету. Но председатель совета считает, что она-слабая девушка, поэтому она хочет стать сильнее.

Друзья детства Ли Сын Хван, Дохи и Сан Мин продолжали общаться даже после поступления в старшую школу. Но внезапно Сан Мин исчез после появления в мире странных существ... Сын Хван и Дохи вскоре отправляются на его поиски, где им предстоит узнать новые необычайные секреты... Сможет ли Сын Хван отыскать своего старого друга?