Изначально, Частная академия сожительства Эйчи была школой для элитных девушек, когда она стала совместной, девушки, из страха, добились разрешения приносить в школу оружие. После того, как они добились разрешения, была создана и дружина из пяти человек, которую назвали "Пятеркой верховных мечей". Много поколений спустя "Пятерка мечей" в итоге стала группой, исправляющей проблемных учеников и академия начала активно принимать таких учеников, чтобы исправить их. Номура Фудо был послан в эту академию после того, как принял участие в крупной стычке. Что же он будет делать теперь, после поступления, когда у него есть только два варианта выбора: исключение и из этой школы или же пройти исправление,…

За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перетерпел огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тота, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение. События манги происходит много лет спустя окончания Mahou Sensei Negima!, где Неги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница — Евангелина МакДауэлл.