Возвращается наш протагонист, Ариюки, домой... А дома то нет. Лишь развалины, да кратер посередине. Кого или что винить в произошедшем? Правильно, метеорит! Только вот метеорит оказался вовсе не метеоритом, а кавайной босоногой девушкой, представившейся Богом...

История Fate/hollow ataraxia происходит через шесть месяцев после событий Fate/stay night, все еще в городе Фуюки. Базетт Фрага МакРемитц, член Ассоциации Магов и Мастер Пятой Войны Святого Грааля, просыпается на четвертый день войны с новым Слугой, Мстителем, и не помнит, что с ним случилось раньше. Она и Эвенджер решили сражаться и выиграть Войну за Святой Грааль. Между тем, Широ Эмия живет мирной жизнью со всеми своими друзьями из Пятой Войны Святого Грааля. После того, как один из его опытов изменил ход времени и пространства, Рин Тосака уезжает в Ассоциацию волхвов в Англии, чтобы разобраться с проблемами. Слуги чувствуют новую опасность, поскольку вскоре после этого появляются темные существа.…